Sporna kwestia odnosiła się do rozliczenia podatku VAT za poszczególne okresy od stycznia 2009 r. do grudnia 2012 r. Urząd posądził spółkę o zaniżenie podatku należnego od transakcji deklarowanych jako wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów (WDT) z uwagi na to, że do WDT nie doszło, ponieważ nie wywieziono towaru z kraju. Firma nie nabyła więc prawa do opodatkowania spornych transakcji stawką 0%. Obrona spółki polegała na braku świadomości nadużyć. Ponadto firma zarzuciła fiskusowi brak przeprowadzenia analizy tzw. dobrej wiary. Zwróciła też szczególną uwagę na to, że zasady dokumentowania transakcji WDT były identyczne, jak w okresach, które były wielokrotnie kontrolowane przez fiskusa i nie stwierdził wtedy nieprawidłowości. Nie pomogło to jednak i zarówno Urząd, jak i WSA w Warszawie podtrzymały dotychczasowe stanowisko. Jednak NSA zajął inne stanowisko w sprawie. Sąd co prawda zgodził się, że WDT nie nastąpiła i podkreślił, że rolą podatnika jest wykazanie, że towar dotarł. Jednocześnie jednak zarzucił fiskusowi uchybienia w ocenie protokołów z kontroli. W ocenie Sądu podatnik, który dostał protokoły bez zastrzeżeń, miał prawo być przeświadczony, że wszystko jest w porządku. Dodatkowo jeśli nie było również zastrzeżeń urzędu do kontroli u kontrahentów, a podatnik współdziałał z tymi samymi spółkami na jednakowych zasadach, mógł zakładać, że działa w dobrej wierze i zgodnie z prawem.

Michał Wojtas, doradca podatkowy, wspólnik w kancelarii EOL, w artykule Aleksandry Tarki "Firma miała prawo ufać fiskusowi” (Rzeczpospolita 23.01.2020 r.) komentuje sprawę i wyrok NSA.

Podstawą uchylenia rozstrzygnięć organów były protokoły kontroli potwierdzające, że transakcje były rozliczone poprawnie. Wielokrotnie mieliśmy do czynienia z podobną praktyką organów, które nie brały odpowiedzialności za swoje wcześniejsze czynności. Dobrze, że zostało to zakwestionowane, bo trudno uzasadnić, czemu to podatnicy mają ponosić winę za nieskuteczność weryfikacji bieżących rozliczeń utwierdzających ich w przekonaniu, że postępują prawidłowo. Rolą fiskusa jest ściganie oszustów, a nie oczekiwanie od podatnika, że będzie go w tym wyręczał. Sprawa dotyczyła odległych okresów, gdy nie było komunikatów o oszustwach podatkowych i wystarczyło posiadanie dokumentów przewozowych, kopii faktury czy specyfikacji ładunku. Sytuacja nieco się zmieniła, ale orzeczenie NSA jest ważne dla toczących się spraw o wykazanie dobrej wiary przy dostawach unijnych lub eksportowych.

więcej na stronie:

https://www.rp.pl/Postepowanie-podatkowe/301239988-Protokol-z-wczesniejszych-kontroli-ma-znaczenia-dla-dobrej-wiary-podatnika---wyrok-NSA.html